出让方转让不动产，不动产权属发生变更，且出让方取得收入的，根据《土地增值税暂行条例》的规定，出让方应当缴纳土地增值税。转让以企业股权形式表现的不动产权属，只是企业股东名字发生变化，不动产权利人并没有变更，这种情况下是否应当就涉及的不动产缴纳土地增值税存在争议。
税务机关认为，通过股权交易转让不动产权属的，应当缴纳土地增值税，主要依据是国家税务总局的三个批复，分别为国家税务总局《关于土地增值税相关政策问题的批复》（国税函〔2009〕387号）、国家税务总局《关于以转让股权名义转让房地产行为征收土地增值税问题的批复》（国税函〔2000〕687号），国家税务总局《关于天津泰达恒生转让土地使用权土地增值税征缴问题的批复》（国税函〔2011〕415号）。国家税务总局的三个批复将实质为房地产交易的股权交易认定为房地产交易，明确需要缴纳土地增值税，部分地方税务局即依此执行。湖南省地税局财产和行为税处出具一便函，要求湖南省各地税务机关对于以转让股权为名行转让房地产之实的，比照国家税务总局的三个批复依法征收土地增值税。为此，纳税人与税务机关就下述问题产生争议：
一、股权转让收入是否属于土地增值税征收范围？
根据《土地增值税暂行条例》第2条及其实施细则第2条的规定，土地增值税的征税对象是有偿转让房地产所取得的收入，并不包括转让股权所取得的收入。广东省地方税务局对这个条文有正确理解，在回复下级税务机关请示时明确：“全资企业将其股权转让他人，不属于《营业税暂行条例》和《土地增值税暂行条例》规定的征税范围，不予征收营业税和土地增值税。因此，对广东省云浮水泥厂转让股权而涉及的房地产，不予征收营业税和土地增值税。”
有人认为，假如税务机关有足够的证据认为某股权交易的实质是房地产交易，则有权根据实质课税原则要求转让方缴纳土地增值税。笔者认为这个观点有待商榷：
首先，在法律有明确规定的情况下，应该适用法律规定，不能跳过具体的法条直接适用法律原则。假如行政机关能直接依据法律原则执法，司法机关能直接适用法律原则判案，则具体法条将形同虚设，法官与行政执法者的自由裁量权有可能极度膨胀而导致侵犯行政相对人的权利。
其次，虽然财税法理论界一直有人提实质课税原则，但对于何为实质课税原则没有统一认识，中国也没有一部税收法规提到实质课税原则，依法行政才是税务机关应当遵循的基本原则。
再次，在法律对实质课税原则没明确规定的情况下，税务机关也无法证明其已找到足够的证据证明股权交易即为房地产交易。因为公司是一个独立于股东的民事主体，公司股东的变化，并不会影响公司名称的变化，也没有改变房地产权利归属，更没有办理房地产权属变更手续。
二、国家税务总局是否有权通过解释扩大法定征税范围
根据《国家税务总局主要职责内设机构和人员编制规定》以及《国家税务总局权力和责任清单（试行）》的规定，国家税务总局有权就税收征管过程的一般性问题进行解释。虽然什么问题属于一般性问题未予以明确，但可以肯定的是，根据《立法法》第8条的规定，国家税务总局无权扩大土地增值税的征税范围，只能在不违反法律规定的前提下对执法过程中存在的问题进行解释。而三个批复的内容已明显超出了《土地增值税暂行条例》第2条规定的征税范围。同理，地方税务机关，以及地方税务机关的财产与行为税处也无权作出超越征税范围的解释。
三、税务机关能否以国家税务总局的批复作为税收征管依据
国家税务总局就个案作出的批复是上下级税务机关之间的内部公文，属于上级税务机关向下级具体某个税务机关就某一行为作出的内部指示。对于这种指示，其他下级税务机关不宜作为税收征管的依据，否则在税务行政诉讼中容易败诉，因为法院在判案时只能适用法律、行政法规、规章和规范性文件，不能依据批复作出有利于税务机关的判决。
四、税务机关是否有必要将股权转让收入纳入土地增值税征税范围
笔者认为，税务机关没有必要将股权转让收入纳入土地增值税征税范围。理由如下：
首先，不管股权受让人以什么价格购入股权，股权内所含房地产的计税基础都不会发生改变，将来一旦受让方转让房地产，仍然需要按原计税基础申报缴纳土地增值税。假设A公司以2亿元购入某商业楼，A公司只有这一栋商业楼，再无其他资产，A公司股东李某将A公司100%股权以3亿元的价格转让给张某，A公司将来转让该商业楼时，其计税基础仍然是2亿元，而非张某支付的股权价格3亿元。
其次，不会影响税务机关完成税收任务，因为转让房地产的，不管销售方或者购买方是谁，住所地或者注册地在哪，销售方都应该向房地产所在地税务机关申报纳税。
再次，某些情况下税务机关将征收更多的土地增值税。假设A房地产开发企业2008年以1亿元人民币的价格取得某土地使用权，拟投资修建商厦，已投资建筑成本9亿元，后A房地产开发企业因故无法继续修建，于2017年以50亿转让。B房地产开发企业购买之后再投资10亿元建成商厦，最终以90亿将商厦出售。为简化计算且突出土地增值税，计算将忽略印花税、城市维护建设税、教育费附加等。
方案一：B房地产开发企业采用购买在建工程方式，A房地产开发企业：
不含增值税销售额=50÷（1+5%）=47.62亿
增值额=47.62-（1+9）×（1+30%）＝34.62亿元
土地增值税=34.62×60%-13×35%=20.77-4.55=16.22亿元
B房地产开发企业以90亿元出售：
不含增值税销售额=90÷（1+9%）=82.56亿元
增值额=82.56-（50+10）×（1+30%）=4.56亿元
土地增值税=4.56×30%=1.37亿元
税务机关共收取土地增值税=16.22+1.37=17.59亿元。
方案二：采用股权转让方式，则B企业虽然花了50亿元购买股权，计税基础仍然是10亿元，以A企业的名义继续建设。
不含增值税销售额=90÷（1+5%）=85.71亿元
增值额=85.71-10×（1+30%）=72.71亿元
土地增值税=72.71×60%-13×35%=39.07亿元
采用第二种方案，税务机关多征收土地增值税21.48（39.07-17.59）亿元。
